A metodologia de avaliação, introduzida no exame de 2010 do Vestibular da Unesp, ocorre em duas fases.
A primeira, de Conhecimentos Gerais, de caráter classificatório e eliminatório, com 90 questões objetivas, visa propiciar a seleção inicial dos candidatos e, além de verificar o grau de compreensão dos conteúdos específicos do ensino médio, agrega ao processo avaliatório indicadores relativos às competências de leitura e interpretação crítica, objetividade, raciocínio lógico e maturidade nas relações multidisciplinares.
Já a segunda fase, de Conhecimentos Específicos, realizada em dois dias, caracteriza-se pela especificidade de cada eixo norteador, com 36 questões dissertativas e uma redação.
Todos os acertos da prova de Conhecimentos Gerais têm o mesmo valor. A nota da primeira fase é atribuída na escala de 0 a 100. A instituição aceitará apenas as notas do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) de 2012 para compor a classificação dos candidatos.
Na segunda fase, todas as questões da prova de Conhecimentos Específicos têm o mesmo valor, e a prova toda soma 72 pontos (escala 0-72). A prova de Redação soma 28 pontos (escala 0-28). A nota da segunda fase é a soma das pontuações obtidas nas duas provas (escala 0-100).
É desclassificado o candidato que obtém nota zero em qualquer uma das avaliações (Conhecimentos Gerais, Conhecimentos Específicos e Redação). A nota final do candidato é a média aritmética das notas obtidas nas duas fases.
Os cursos que tiverem provas de habilidades, a serem aplicadas apenas aos candidatos convocados à segunda fase, têm essa nota convertida na escala 0-100. Nesses casos, a nota final do vestibular é obtida pela média aritmética simples das três notas.