A metodologia de avaliação, introduzida no exame de 2010 do Vestibular da Unesp, ocorre em duas fases.
A primeira, de Conhecimentos Gerais, de caráter classificatório e eliminatório, com 90 questões objetivas, visa propiciar a seleção inicial dos candidatos e, além de verificar o grau de compreensão dos conteúdos específicos do ensino médio, agrega ao processo avaliatório indicadores relativos às competências de leitura e interpretação crítica, objetividade, raciocínio lógico e maturidade nas relações multidisciplinares.
Já a segunda fase, de Conhecimentos Específicos, realizada em dois dias, caracteriza-se pela especificidade de cada eixo norteador, com 36 questões dissertativas e uma redação.
Todos os acertos da prova de Conhecimentos Gerais têm o mesmo valor. A nota da primeira fase é atribuída na escala de 0 a 100. Dá-se continuidade à possibilidade de aproveitamento da nota do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem), conforme critérios semelhantes aos adotados nos anos anteriores.
Na segunda fase, todas as questões da prova de Conhecimentos Específicos têm o mesmo valor, e a prova toda soma 72 pontos (escala 0-72). A prova de Redação soma 28 pontos (escala 0-28). A nota da segunda fase é a soma das pontuações obtidas nas duas provas (escala 0-100).
É desclassificado o candidato que obtém nota zero em qualquer uma das avaliações (Conhecimentos Gerais, Conhecimentos Específicos e Redação). A nota final do candidato é a média aritmética das notas obtidas nas duas fases.
Os cursos que tiverem provas de habilidades, a serem aplicadas apenas aos candidatos convocados à segunda fase, têm essa nota convertida na escala 0-100. Nesses casos, a nota final do vestibular é obtida pela média aritmética simples das três notas.